À la suite de la nouvelle carte intercommunale issue de la loi portant nouvelle organisation territoriale de la République (loi NOTRe), 15 nouvelles communes rejoignent le Grand Besançon au 1er janvier 2017 : 6 parmi celles de la communauté de communes du val Saint-Vitois (Saint-Vit, Pouilley-Français, Velesmes-Essarts, Roset-Fluans, Byans-sur-Doubs et Villars-Saint-Georges) et 9 appartenant à la communauté de communes Dame Blanche et Bussière (Cussey-sur-l’Ognon, Geneuille, Chevroz, Devecey, Bonnay, Mérey-Vieilley, Vieilley, Palise et Venise).

Par ailleurs, les communes de Chemaudin et Vaux-les-Prés ont fusionné à la même date pour constituer la commune nouvelle de Chemaudin et Vaux.

Le 1er janvier 2018 a vu la fusion de Marchaux avec Chaudefontaine pour constituer la commune nouvelle de Marchaux-Chaudefontaine.

Le 1er janvier 2019 a vu la fusion de Fontain avec Arguel pour constituer la commune nouvelle de Fontain3.

Le Grand Besançon fédère ainsi 68 communes et près de 200 000 habitants au 1er janvier 20194.

Le Grand Besançon exerce de plein droit, en lieu et place des communes, sept compétences obligatoires imposées par l'article L. 5216-5 du Code général des collectivités territoriales19 aux communautés d'agglomération :

- le développement économique (gestion des zones d'activité, soutien aux activités commerciales, promotion du tourisme) ;

- l'aménagement de l'espace communautaire (schéma de cohérence territoriale, plan local d'urbanisme, transports) ;

- l'équilibre social de l'habitat (programme local de l'habitat, actions et aides financières en faveur du logement social) ;

- la politique de la ville ;

- la gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations (GEMAPI) ;

- l'accueil des gens du voyage ;

- la gestion des déchets.

Les communautés d'agglomération doivent en outre exercer, en lieu et place des communes, au moins trois compétences parmi sept autres proposées. Le Grand Besançon a ainsi choisi d'exercer les compétences suivantes 1

1 : création ou aménagement et entretien de voirie d'intérêt communautaire ;

2 : protection et mise en valeur de l'environnement et du cadre de vie ;

3 : construction, aménagement, entretien et gestion d'équipements culturels et sportifs d'intérêt communautaire.

Le Grand Besançon exerce également 12 autres compétences dites « facultatives »1 qui lui ont été déléguées par ses communes membres, dont la gestion du service de secours et de lutte contre l'incendie, les itinéraires cyclables et circuits pédestres, l'action culturelle et sportive, les actions de sensibilisation à l'environnement ou l'organisation de manifestations touristiques.